Dans un contexte post-départementalisation en forte évolution (mise en place de la règlementation européenne, protection de l’environnement), la recherche et le transfert d’innovation doivent aujourd’hui être davantage orientés vers la promotion d’un modèle d’exploitation familiale d’élevage valorisant les ressources animales disponibles localement, et permettant d’améliorer durablement les niveaux de production (viande, lait, miel) tout en réduisant les niveaux d’intrants. Cependant de nombreuses contraintes d’ordre économique, structurel, sanitaire pèsent encore sur le développement de l’élevage.

Le projet Défi Animal Phase 1 a permis de répondre à certains nombres de questions. À titre d'exemple, des travaux ont été réalisés sur la mise en place d'une meilleure gestion des maladies dermatologiques des bovins ou encore d'une optimisation de l’utilisation des races locales en initiant la caractérisation primaire de la race zébu et de la race ovine. Le projet Défi Animal Phase 2 se propose de cibler les problèmes sanitaires majeurs présents ou qui peuvent être introduits, frein au développement économique de l’élevage, et tester des outils ou des stratégies innovantes et adaptées à destination des éleveurs pour que ceux-ci produisent plus et mieux, dans un contexte insulaire vulnérable.

En parallèle, il est nécessaire de compléter la caractérisation primaire pour les ruminants par la caractérisation des aptitudes de production et des aptitudes d’adaptation, comme la résistance ou la tolérance aux contraintes environnementales. Le projet propose également d’étudier la faisabilité de la mise en place d’une filière apicole moderne, valorisant l‘abeille locale.

Le projet Défi Animal2 est composé de deux sous-projets :

•  L’action « SANTE » qui vise à limiter l’impact des contraintes sanitaires dans les élevages de rente par une meilleure gestion des mesures prophylactiques et sanitaires;
•  L’action « REANIM » qui vise à caractériser et valoriser les REssources génétiques ANImales de Mayotte.