En 2023, la communauté scientifique s’accorde à l’unanimité que la surveillance de l’antibiorésistance (AMR) ne devrait pas se limiter au milieu sanitaire et/ou hospitalier, car la plupart des écosystèmes contribuent à l’émergence, à l’acquisition et à la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG). Ensemble avec les antibiothérapies effectuées sur la population humaine, l’usage répandu des antibiotiques dans les filières d’élevage ou chez les animaux de compagnie peut aboutir à la sélection et à l’émergence de bactéries résistantes, qui peuvent ensuite contaminer l’environnement. Les animaux sauvages et les animaux domestiques errants peuvent également contribuer à la transmission de bactéries multirésistantes entre les différents compartiments. L’approche One Health apparaît donc indispensable pour mieux comprendre et prévenir la transmission des ARG depuis le résistome environnemental jusqu’aux élevages et à l’hôpital. Les techniques avancées d’identification des bactéries et de séquençage, maîtrisées actuellement par l’équipe d’accueil du stage (MALDI-TOF au CHU, Saint-Denis et Nanopore au Cyroi, UMR ASTRE, CIRAD, Saint-Denis) rendent cette approche granulaire faisable d’une manière routinière.

Plusieurs études menées ces dernières années à La Réunion ont permis de dresser l’état des lieux de la résistance aux antibiotiques dans les différentes filières d’élevage de l’île et de répertorier certains phénotypes et génotypes de bactéries multirésistantes en circulation. Dans la continuité de ces travaux, l’équipe ASTRE du Cirad à la Réunion a obtenu un financement du Ministère de l’Agriculture (plan EcoAntibio2) pour réaliser dans les territoires français de l’océan Indien (La Réunion, Mayotte) une étude longitudinale microbiologique et génomique de l’Antibiorésistance (AMR) dans les élevages, les animaux domestiques et la communauté humaine. Le projet de 2024 à 2026 mettra l’accent sur les bactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) et de carbapénémases.

Dans ce contexte, ce stage de recherche réalisé à La Réunion a pour objectifs 1) d’estimer les prévalences des entérobactéries porteurs de E bêta-lactamases à spectre élargi (E-BLSE) et de carbapénémases (E-CARBA) dans les filières d’élevage, les animaux de compagnie et la communauté humaine, 2) d’explorer les hypothèses de transmissions d’entérobactéries multirésistantes entre les trois compartiments (élevages, animaux de compagnie et communauté humaine) et 3) d’identifier des facteurs de risque contribuant à l’apparition de ces bactéries multirésistantes dans les différents compartiments animaux étudiés.